Перед налоговой за ошибки отвечаете вы, а не бухгалтер, поэтому закрепите его ответственность перед вами в договоре. Укажите в нём, что бухгалтер ведёт и сдаёт, когда получает документы и кто платит штраф, если ошибся он. Бухгалтер в штате работает по трудовому договору, а его обязанности впишите в должностную инструкцию. Составьте перечень работ для договора.
72 приёма о налогах своего бизнеса в России: как выбрать режим и не потерять право на него, когда появляется НДС, какие взносы ИП платит за себя, как держать рабочие деньги отдельно, вести учёт и хранить документы, платить с выплат людям, отчитываться и отвечать налоговой — и что поручить бухгалтеру. У каждого приёма названо, когда он не нужен.