Одно и то же сочетание записывают раздельно, слитно или через дефис, и звучат все три записи одинаково. Выбор определяется не звучанием, а тем, чем сочетание стало: двумя словами, одним словом или чем-то промежуточным. Общего признака здесь нет, и значительная часть написаний закреплена поодиночке.
Пример: в тайне ↔ втайне ↔ по-новому
115 карточек об устройстве русского языка: от звука и буквы до предложения и текста, отдельно — письмо и языковая норма. Девять блоков; каждая карточка объясняет одно понятие или одну закономерность энциклопедическим языком, без правил и упражнений.